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适用范围:适用于快速从同一个细菌样本中同时分离提取基因组DNA和总RNA。
产品储存:本试剂盒在室温储存12个月不影响使用效果。常温组分储存于低温(4℃或-20℃)会造成溶液沉淀,影响使用效果,因此运输和储存均在室温下(15-25℃)进行。
产品介绍:
本试剂盒适用于快速从同一个细菌样本中同时分离提取基因组DNA和总RNA。采用爱普科学独特的裂解液,可迅速裂解细胞和灭活细胞RNA/DNA酶,然后裂解混合物DNA/RNA同时通过一个基因组DNA吸附柱,基因组DNA被吸附而RNA穿透滤过。DNA吸附柱上的基因组DNA经过一系列漂洗/离心等步骤,洗脱得到纯净基因组DNA。滤过的RNA用乙醇调节结合条件后,RNA在高离序盐状态下选择性吸附于RNA吸附柱上,再通过一系列快速的漂洗/离心等步骤,洗脱得到纯净的RNA。
本试剂盒在爱普科学独家推出的无苯酚、氯仿DNA/RNA快速提取技术基础上,又配合爱普科学独特的分离纯化技术,同时得到的基因组DNA和RNA纯度高、完整性好、且互不干扰。得到的高纯度基因组DNA和RNA可直接用于PCR、反转录PCR、荧光定量PCR、Southern、Northern-Blot、酶切、测序等相关分子生物学实验。
产品特点:
1. 操作安全,完全不使用有毒的苯酚、氯仿等试剂,也不需要乙醇沉淀等步骤。
2. 快速简捷,单个样品基因组DNA/ RNA分离提取操作一般可在50分钟内完成。
3. 爱普科学独家研发的基因组DNA清除柱技术确保高效清除gDNA残留,得到的RNA不需要DNase消化,可直接用于反转录PCR、荧光定量PCR等实验。
4. 多次柱漂洗确保高纯度,得到的基因组DNA/RNA纯度高、完整性好。
注意事项:
1. 所有的离心步骤均在室温完成,使用转速可以达到13,000rpm的传统台式离心机。
2. 避免试剂长时间暴露于空气中产生挥发、氧化、PH值变化,各溶液使用后应及时盖紧盖子。所有的溶液应该是澄清的,如果环境温度低时溶液可能形成沉淀,此时不应该直接使用,可在37℃水浴加热几分钟,即可恢复澄清。
3. 样品处理量绝对不要超过基因组DNA吸附柱和RNA吸附柱RA处理能力,否则造成DNA残留或产量降低。开始摸索实验条件时,如果不清楚样品DNA/RNA含量时,宁可使用较少的样品处理量,将来根据样品试验情况增加或者减少处理量。
4. 裂解液RLT Plus、抑制物去除液IR、去蛋白液RW1中含有刺激性化合物,操作时请穿实验服并佩戴一次性乳胶手套,实验操作中应避免避免沾染皮肤,眼睛和衣服。若沾染皮肤、眼睛时,要立即用大量清水或者生理盐水冲洗。
5. 预防RNase污染,应注意以下几方面:
1) 经常更换新手套。因为皮肤经常带有细菌,可能导致RNase污染。
2) 使用RNase-free的塑料制品和枪头避免交叉污染。
3) RNA在裂解液中时不会被RNase降解,但提取后继续处理过程中应使用RNase-free的塑料和玻璃器皿。玻璃器皿可在150℃烘烤4小时,塑料器皿可在0.5M NaOH中浸泡10分钟,然后用水彻底清洗,再灭菌,即可去除RNase。
4) 配制溶液应使用RNase-free的水。(将水加入到干净的玻璃瓶中,加入DEPC至终浓度0.1%(v/v),37℃放置过夜,高压灭菌)
6. 关于DNA的微量残留:一般说来任何总RNA提取试剂在提取过程中无法完全避免DNA的微量残留(DNase消化也无法做到100%无残留),本公司的RNA提取产品,由于采取了本公司独特的缓冲体系和特殊吸附能力的吸附膜,已经清除了绝大部分的DNA残留,在大多数RT-PCR扩增过程中极其微量的DNA残留(一般电泳EB染色紫外灯下观察不可见)影响不是很大,如果要进行严格的mRNA表达量分析如荧光定量PCR,我们建议在进行模板和引物的选择时:
1) 选用跨内含子的引物,以穿过mRNA中的连接区,这样DNA就不能作为模板参与扩增反应。或者选择基因组DNA和cDNA上扩增的产物大小不一样的引物对。或者缩短延伸时间,使DNA来源模板无法参与扩增反应。
2) 将RNA提取物用RNase-free的DNase I处理。本试剂盒还可以用于DNase I处理后的RNA清洁纯化(货号:RE182),请联系我们索取具体操作说明书。
3) 在操作步骤的去蛋白液RW1漂洗前,直接在吸附柱RA上进行DNase I柱上消化处理,以进一步清除gDNA残留污染。可购买爱普科学的DNA酶柱上消化试剂盒(货号:RE180),购买前可先索取具体操作说明书。
7. RNA纯度及浓度检测:
完整性:RNA可用普通琼脂糖凝胶电泳(电泳条件:胶浓度1.2%,0.5× TBE电泳缓冲液,150v,15分钟)检测完整性。由于细菌中70-80%的RNA为rRNA,电泳后UV下应能看到非常明显的rRNA条带。细菌rRNA大小分别约为5kb和2kb,分别相当于26S和13S rRNA。细菌RNA样品中最大rRNA亮度应为次大rRNA亮度的1.5-2.0倍,否则表示RNA样品的降解。出现弥散片状或条带消失表明样品严重降解。但是应该注意区分是提取出来的RNA样品本身降解了,还是提取出来的RNA是完好的,只是在电泳过程中降解的。
纯度:OD260/OD280比值是衡量蛋白质污染程度的重要参考指标。高质量RNA的OD260/OD280读数在2.1-2.2之间(100%纯的RNA比值一般是2.2左右,很多公司的产品因为残留蛋白或者DNA较多,造成比值降低,无法达到2.2这个纯度标准,因此降低要求1.9-2.0就凑合使用了,但是爱普科学的试剂盒提取产品标准一般可以达到高水准的2.1-2.2的纯度标准)。OD260/OD280读数受测量使用的机器影响,也受测定所用稀释溶液的pH值影响。微量分光光度计一般不需要稀释,不受稀释溶液的PH值影响。但是同一个RNA样品,如果测量的时候机器要求稀释后测量,假定在10mM Tris,pH7.5稀释溶液中测出的OD260/OD280读数在1.9-2.1之间,在水溶液中所测读数则可能在1.5-1.9之间,但这并不表示RNA不纯。
浓度:取一定量的RNA提取物,用RNase-free水稀释n倍,用RNase-free水将分光光度计调零,取稀释液进行OD260和OD280测定,按照以下公式进行RNA浓度的计算:终浓度(ng/μL)=(OD260)×(稀释倍数n)×40。
操作步骤(实验前请先阅读注意事项):
提示:第一次使用前请先在漂洗液RW瓶、漂洗液WB和70%乙醇瓶中按照该组分标签上的指示,加入指定量无水乙醇,充分混匀后请及时在标签上标记,以免多次加入!提取细菌样本RNA需先配制已加入溶菌酶(Lysostaphin)的TE/酶工作液,确定TE溶液(10mM Tris-HCl,1mM EDTA)中已加入溶菌酶(Lysostaphin),浓度为1mg/mL,备用。
1. 离心收集1-2mL菌液(108-109细胞)到一个1.5mL离心管,尽可能去除上清,注意残留的上清不能超过20μL/每使用100μL TE/酶工作液。
2. 根据细胞的种类和数量,充分重悬细胞在100uL(5x108细胞)或200uL(5x108-7.5x108细胞)的TE/酶工作液中。
注:也可以直接用TE溶液重悬后,用干净枪头挑取少许溶菌酶加入。
3. 室温(15-25℃)温育5分钟(溶菌酶),或者37℃温育15分钟(Lysostaphin),破解细胞壁。每2分钟涡旋振荡10秒帮助破壁。
注:各种细菌破壁的难易程度不一样,一般革兰氏阴性菌E.coli使用上面的条件就足够了,甚至可能省略该步骤。但是某些革兰氏阳性菌如B.subtilis难破壁需要提高溶菌酶浓度到15mg/mL和温育时间到10分钟。如果金黄色葡萄球菌需要加入Lysostaphin到1mg/mL,37℃温育15分钟。总之不同细菌类型破壁难易程度不同,有的难破壁的种类需要根据用户自己的具体情况调节酶的种类、工作浓度、温育温度和时间,此外还可以联合使用玻璃珠击打、机械破壁、蛋白酶K消化等方法帮助破壁。
4. 短暂离心收集细胞到管底,吸弃上清后,涡旋振荡重悬分散细胞。
5. 加入500μL裂解液RLT Plus,吹打混匀后用手剧烈振荡20秒,充分裂解。
注:一般加入裂解液后充分涡旋吹打后,应该见不到明显团块或者不溶物,极少数情况下如果有明显团块或者不溶物可以将裂解物13,000rpm 离心3分钟,沉淀不能裂解的碎片或者不溶物,将裂解物上清全部转到一个新离心管再进行下一步。
6. 立刻将裂解物加入一个基因组DNA清除柱上(清除柱放在收集管内),13,000rpm 离心30秒,保留滤过液(RNA在滤过液中)。DNA吸附柱子(膜上吸附有基因组DNA)短时间可存放4℃度备用。
注:确保离心后液体全部滤过,膜上无残留,如有必要,可加大离心力和离心时间。
以下步骤为提取RNA步骤:
7. 用微量移液器较精确估计滤过液体积(通常为500μL,滤过时损失的体积应该减去),加入等体积的70%乙醇(请先检查是否已加入无水乙醇!),此时可能出现沉淀,但是不影响提取过程,立即吹打混匀,不要离心。
8. 立刻将混合物(每次小于700μL,多可以分两次加入)加入一个吸附柱RA中,(吸附柱放入收集管中)13,000rpm 离心30秒,弃废液。
9. 加入700μL去蛋白液RW1,室温放置30秒,13,000rpm 离心30秒,弃废液。
10. 加入500μL漂洗液RW(请先检查是否已加入无水乙醇!),13,000rpm 离心30秒,弃废液。再加入500μL漂洗液RW,重复操作一遍,弃废液。
11. 将吸附柱RA放回空收集管中,13,000rpm 离心2分钟,尽量除去漂洗液,以免漂洗液中残留乙醇抑制下游反应。
12. 取出吸附柱RA,放入一个新的无酶的1.5mL离心管中,根据预期RNA产量在吸附膜的中间部位加入30-50μL RNase-free Water(事先在70-90℃水浴中加热可提高产量),室温放置1分钟,13,000rpm 离心1分钟,洗脱RNA。提取的高纯度RNA可直接用于下游相关实验或储存于-85℃至-65℃保存。
注:如果预期RNA产量>30μg,可重新加入30-50uL RNase-free Water重复操作步骤12一遍,合并两次洗脱液(如果需要RNA产量高);或者使用第一次的洗脱液重新加回到吸附柱内,重新洗脱一遍(如果需要RNA浓度高)。洗脱两遍的RNA洗脱液浓度高,分两次洗脱合并洗脱液的RNA产量比前者高15–30%,但是浓度要低,用户根据具体实验需要自行选择。
注:洗脱体积越大,洗脱效率越高,RNA产量越高,但是浓度将会降低。如果需要RNA浓度较高,可以适当减少洗脱体积,但是最小洗脱体积建议最好不少于25uL,体积过小会降低RNA洗脱效率,减少RNA产量。
以下步骤为提取DNA步骤:
13. 在操作步骤6的DNA吸附柱上加入500μL抑制物去除液IR,12,000rpm 离心30秒,弃废液。
14. 加入700μL漂洗液WB(请先检查是否已加入无水乙醇!),12,000rpm 离心30秒,弃废液。再加入500μL漂洗液WB,重复操作一遍,弃废液。
15. 将DNA吸附柱放回空收集管中,12,000rpm离心2分钟,尽量除去漂洗液,以免漂洗液中残留乙醇抑制下游反应。
16. 取出DNA吸附柱,放入一个新的无酶的1.5mL离心管中,根据预期DNA产量在吸附膜的中间部位加入100μL洗脱缓冲液EB(洗脱缓冲液事先在65-70℃水浴中预热效果更好),室温放置3-5分钟,12,000rpm 离心1分钟,收集得到的DNA。DNA可以存放在-20℃,如果要长时间存放,可以放置在-70℃保存。
注:可将第一次得到的溶液重新加入离心吸附柱中,室温放置2分钟,12,000rpm离心1分钟,可以提高10%左右的浓度。
注:洗脱体积越大,洗脱效率越高,如果需要DNA浓度较高,可以适当减少洗脱体积,但最小体积不应少于50μL,体积过小降低DNA洗脱效率,减少DNA产量。
品牌: | 爱普科学 |
英文名称: | AipPure Bacterial(DNA/RNA) Isolation and Extraction Kit(Centrifugal Column) |
规格: | 50T |
性状: | 液体 |
储存温度: | RT |
保质期: | 一年 |
产品特点: | 一盒多用!适用于从同一个组织/细胞样本同时分离提取RNA/DNA! |
备注说明: | 收到产品后请尽快按照组分标签上的储存温度进行保存! |